Quando o procedimento de preparação do embrião e posterior inseminação ocorre, é possível que o tratamento gere um número de embriões saudáveis superior ao que deve ser utilizado. Dessa forma, o casal que já tem embriões colhidos e preparados pode preservá-los para futuras inseminações meses ou mesmo anos após o processo de criopreservação.

Os embriões são então armazenados em tanques de nitrogênio líquido a uma temperatura de -196 °C, permanecendo assim por longos períodos. Posteriormente essas amostras podem ser utilizadas após preparação do útero por meio da transferência de embriões descongelados. A taxa de sobrevivência destes é altíssima, variando entre 90 e 100%. Este processo deve ser realizado por embriologistas experientes e constantemente atualizados.